برای من چند بار پیش اومده که یک‌سری از فایل‌ها رو کامیت کنم و بعد از اون متوجه اشتباهم بشم و gitignore رو آپدیت کنم تا گیت دیگه به اون فایل‌ها نگاه نکنه. مشکل اینه که گیت برای فایل‌هایی که تا حالا داشته بهشون نگاه می‌کرده دیگه به gitignore توجه نمی‌کنه و اون‌فایل‌ها از سیستم حذف نمی‌شن.
من قبلن این‌جا جواب رو پیدا کرده بودم ولی این دفعه که سرچ کردم، این‌جا پیداش کردم (و لینک استک‌اورفلو رو از توی هیستوری چت‌هام با مهدی پیدا کردم).
برای حل مشکل، اول از همه همه‌ی تغییرات‌تون رو کامیت کنید (و تغییراتی که می‌خواید اعمال نشند رو discard کنید. توجه کنید که با discard کردن اون تغییرات از دست می‌رن). بعد  git shell رو باز کنید و دستورات زیر رو بزنید:


git rm . -r --cached
git add .
git commit -m "fixed untracked files"